SEKVENOVÁNÍ VZORKŮ DNA/RNA HMYZU

Krátký popis

Předmětem veřejné zakázky je sekvenování vzorků DNA/RNA hmyzu.
Jedna sada vzorků se bude skládat ze čtyř dílčích sad vzorků, které poskytneme my jako zákazníci:

Vzorový podsoubor 1)
Šest celkových vzorků DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka k sekvenování pomocí sekvenačních platforem a buněk PacBio Hifi Revio. Tři vzorky budou sekvenovány triplexně na jedné buňce, to znamená, že pro šest vzorků budou použity celkem dvě sekvenační buňky. Každý vzorek bude tvořen hmyzí DNA o vysoké molekulové hmotnosti (izolovanou pomocí soupravy MagAttract) s množstvím DNA 300-500ng ve 100-200 µl vody. Požadovaná služba spočívá v přípravě knihoven HiFi PacBio pomocí chemie SPRQ bez amplifikace celého genomu PCR, sekvenování na buňkách Revio PacBio a poskytnutí dat ze sekvenování HiFi prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online datového úložiště.

Vzorový podsoubor 2)
96 vzorků DNA celého genomu hmyzu izolovaných pomocí soupravy Qiagen Blood & Tissue (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím DNA alespoň 20 ng na vzorek bude předloženo jako jedna dávka 96 vzorků. Požadovanou službou je příprava knihoven Illumina a sekvenování s párovým koncem 150bp s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky zaslaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Vzorový podsoubor 3)
24 vzorků celkové RNA hmyzu izolovaných pomocí soupravy ZymoResearch Direct-zol (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím RNA nejméně 50ng na vzorek bude poskytnuto jako jedna dávka. Požadovanou službou je příprava knihovny RNAseq s obohacením o polyA a následné sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenování na vzorek 10 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Vzorový podsoubor 4)
96 knihoven Illumina připravených z celkové DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka. Knihovny budou indexovány pomocí "NEBNext Oligos for Illumina 96 Unique Dual Index Primers Pair set 5" nebo srovnatelného systému Unique Dual Index. Požadovanou službou je kontrola kvality knihoven, sdružování a sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Popis veřejné zakázky

Předmětem veřejné zakázky je sekvenování vzorků DNA/RNA hmyzu.
Jedna sada vzorků se bude skládat ze čtyř dílčích sad vzorků, které poskytneme my jako zákazníci:

Vzorový podsoubor 1)
Šest celkových vzorků DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka k sekvenování pomocí sekvenačních platforem a buněk PacBio Hifi Revio. Tři vzorky budou sekvenovány triplexně na jedné buňce, to znamená, že pro šest vzorků budou použity celkem dvě sekvenační buňky. Každý vzorek bude tvořen hmyzí DNA o vysoké molekulové hmotnosti (izolovanou pomocí soupravy MagAttract) s množstvím DNA 300-500ng ve 100-200 µl vody. Požadovaná služba spočívá v přípravě knihoven HiFi PacBio pomocí chemie SPRQ bez amplifikace celého genomu PCR, sekvenování na buňkách Revio PacBio a poskytnutí dat ze sekvenování HiFi prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online datového úložiště.

Vzorový podsoubor 2)
96 vzorků DNA celého genomu hmyzu izolovaných pomocí soupravy Qiagen Blood & Tissue (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím DNA alespoň 20 ng na vzorek bude předloženo jako jedna dávka 96 vzorků. Požadovanou službou je příprava knihoven Illumina a sekvenování s párovým koncem 150bp s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky zaslaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Vzorový podsoubor 3)
24 vzorků celkové RNA hmyzu izolovaných pomocí soupravy ZymoResearch Direct-zol (nebo srovnatelné soupravy) s celkovým množstvím RNA nejméně 50ng na vzorek bude poskytnuto jako jedna dávka. Požadovanou službou je příprava knihovny RNAseq s obohacením o polyA a následné sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenování na vzorek 10 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Vzorový podsoubor 4)
96 knihoven Illumina připravených z celkové DNA hmyzu bude předloženo jako jedna dávka. Knihovny budou indexovány pomocí "NEBNext Oligos for Illumina 96 Unique Dual Index Primers Pair set 5" nebo srovnatelného systému Unique Dual Index. Požadovanou službou je kontrola kvality knihoven, sdružování a sekvenování Illumina 150bp s párovým koncem s minimálním výtěžkem sekvenačních čtení na vzorek 5 gigabází a poskytnutí sekvenačních dat prostřednictvím fyzicky dodaných pevných disků nebo prostřednictvím online úložiště dat.

Hlavní podmínky financování a platební ujednání a/nebo odkaz na příslušné předpisy, které je upravují

Veřejná zakázka bude spolufinancována Grantovou agenturou České republiky.
Grantový projekt v základním výzkumu Junior Star 2023
Název projektu: Trajektorie evoluce genomu u konvergentních organismů
Odborový výbor: EX-5 - Biologie a zemědělské vědy

Platební podmínky jsou specifikovány v návrhu smlouvy.

Přesné informace o lhůtě (lhůtách) pro přezkumné řízení

Podmínkou pro podání návrhu k ÚOHS je podání námitek k Zadavateli, které je nutné doručit do 15 dnů ode dne, kdy se stěžovatel dozvěděl o domnělém porušení zákona Zadavatelem, nejpozději však do uzavření smlouvy nebo do chvíle, kdy se soutěž o návrh považuje po výběru návrhu za ukončenou.

Námitky proti úkonům oznamovaným v dokumentech, které je Zadavatel povinen podle zákona uveřejnit či odeslat stěžovateli, musí být doručeny Zadavateli do 15 dnů od jejich uveřejnění či doručení stěžovateli.
Pokud je v zadávacím řízení stanovena lhůta pro podání žádostí o účast, musí být námitky proti podmínkám vztahujícím se ke kvalifikaci dodavatele doručeny Zadavateli nejpozději do skončení této lhůty.
Pokud je v zadávacím řízení stanovena lhůta pro podání nabídek, musí být námitky proti zadávacím podmínkám doručeny Zadavateli nejpozději do skončení této lhůty. Námitky proti obsahu výzvy k podání nabídek v dynamickém nákupním systému nebo při zadávání veřejné zakázky na základě rámcové dohody musí být zadavateli doručeny nejpozději do konce lhůty pro podání nabídek. V soutěži o návrh musí být námitky proti soutěžním podmínkám doručeny nejpozději do konce lhůty pro podání návrhů. Zadavatel může v zadávací dokumentaci nebo soutěžních podmínkách stanovit, že námitky podle § 242 odst. 3 nebo 4 zákona lze podat nejpozději 72 hodin před skončením lhůt podle § 242 odst. 3 nebo 4 zákona.

Námitky proti dobrovolnému oznámení o záměru uzavřít smlouvu podle § 212 odst. 2 zákona musí být doručeny Zadavateli do 30 dnů od uveřejnění tohoto oznámení.

Zadavatel je povinen námitky vyřídit do 15 dnů. Návrh je nutné doručit ÚOHS i Zadavateli do 10 dnů ode dne, v němž stěžovatel obdržel rozhodnutí, kterým Zadavatel námitky odmítnul nebo do 25 dnů od odeslání námitek, pokud Zadavatel o námitkách nerozhodl.

Po uzavření smlouvy na veřejnou zakázku či rámcové dohody lze podat pouze návrh na uložení zákazu plnění smlouvy, a to i bez předchozího podání námitek. Návrh na uložení zákazu plnění smlouvy doručí navrhovatel ÚOHS a ve stejnopisu Zadavateli do 30 dnů ode dne, kdy Zadavatel uveřejnil oznámení o uzavření smlouvy způsobem podle § 212 odst. 2 zákona s uvedením důvodu pro zadání veřejné zakázky bez uveřejnění oznámení o zahájení zadávacího řízení, předběžného oznámení nebo výzvy k podání nabídek ve zjednodušeném podlimitním řízení, nejpozději však do 6 měsíců od uzavření této smlouvy. Návrh na uložení zákazu plnění smlouvy podle § 254 odstavce 1 písm. d) zákona doručí navrhovatel ÚOHS a ve stejnopisu Zadavateli do 30 dnů ode dne, kdy Zadavatel uveřejnil oznámení o uzavření smlouvy na základě rámcové dohody podle § 137 zákona nebo oznámení o uzavření smlouvy v dynamickém nákupním systému podle § 142 zákona, nejpozději však do 6 měsíců od uzavření této smlouvy.

Ve lhůtě pro doručení návrhu je navrhovatel povinen složit na účet ÚOHS kauci ve výši 1 % z nabídkové ceny navrhovatele za celou dobu plnění veřejné zakázky nebo za dobu prvních čtyř let plnění v případě smluv na dobu neurčitou, nejméně však ve výši 50 000 Kč, nejvýše ve výši 10 000 000 Kč. V případě, že navrhovatel nemůže stanovit celkovou nabídkovou cenu, je povinen složit kauci ve výši 100 000 Kč. V případě návrhu na uložení zákazu plnění smlouvy je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 200 000 Kč. Jde-li o řízení o přezkoumání postupu pro zadávání koncesí, je navrhovatel povinen ve lhůtě pro doručení návrhu složit na účet ÚOHS kauci ve výši 1 % z předpokládané hodnoty koncese uveřejněné ve Věstníku veřejných zakázek nebo na profilu Zadavatele, nejméně však ve výši 50 000 Kč, nejvýše ve výši 10 000 000 Kč. V případě, že Zadavatel neuveřejní ve Věstníku veřejných zakázek nebo na profilu Zadavatele předpokládanou hodnotu koncese, je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 100 000 Kč. V případě návrhu na uložení zákazu plnění koncesní smlouvy je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 200 000 Kč.