Předmětem veřejné zakázky jsou různé typy sekvenačních služeb na bázi čtení pořadí nukleotidů v řetězcích DNA molekul (a to jak DNA-Seq, tak RNA-Seq), jakož i další doplňkové služby související s přípravou a kontrolou vzorků k těmto analýzám a s analýzou získaných dat. Tato veřejná zakázka je rozdělena v souladu s § 35 ZZVZ na 9 částí.
Termín
Lhůta pro podání nabídek byla 2024-09-05.
Veřejná zakázka byla zveřejněna na 2024-07-24.
Oznámení zadávacího řízení (2024-07-24) Objekt Rozsah veřejné zakázky
Název: Vybrané masivně paralelní sekvenační služby pro projekty OP JAK v MBÚ – smlouva na 24 měsíců
Krátký popis:
“Předmětem veřejné zakázky jsou různé typy sekvenačních služeb na bázi čtení pořadí nukleotidů v řetězcích DNA molekul (a to jak DNA-Seq, tak RNA-Seq), jakož...”
Krátký popis
Předmětem veřejné zakázky jsou různé typy sekvenačních služeb na bázi čtení pořadí nukleotidů v řetězcích DNA molekul (a to jak DNA-Seq, tak RNA-Seq), jakož i další doplňkové služby související s přípravou a kontrolou vzorků k těmto analýzám a s analýzou získaných dat. Tato veřejná zakázka je rozdělena v souladu s § 35 ZZVZ na 9 částí.
Zobrazit více
Typ smlouvy: Služby
Produkty/služby: Laboratorní výzkum📦
Odhadovaná hodnota bez DPH: 12 012 000 CZK 💰
Informace o pozemcích
Tato smlouva je rozdělena na části ✅
Maximální počet částí, které mohou být přiděleny jednomu uchazeči: 9
Nabídky lze podávat na maximální počet částí: 9
1️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Dodaný vzorek genomové DNA bude zkontrolován a bude určena jeho vhodnost pro sekvenaci. Ze vzorku bude dodavatelem připravena knihovna. Tato knihovna bude...”
Popis veřejné zakázky
Dodaný vzorek genomové DNA bude zkontrolován a bude určena jeho vhodnost pro sekvenaci. Ze vzorku bude dodavatelem připravena knihovna. Tato knihovna bude následně sekvenována v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 1,5 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 1. Jako sekvenační výstup budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 133 vzorků.
Zobrazit více
Místo plnění: Hlavní město Praha🏙️
Místo plnění: Královéhradecký kraj🏙️
Místo plnění: Středočeský kraj🏙️
Doba trvání: 24 (MONTH)
Níže uvedený časový rámec je vyjádřen v měsících.
Doba trvání
Datum zahájení: 2024-09-30 📅
Kritéria pro udělení ceny
Cena ✅
Cena (vážení): 100
Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0001
2️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena...”
Popis veřejné zakázky
Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků bude dodavatelem připraven soubor knihoven (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 50 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 2. Získaná data budou následně bioinformaticky zhodnocena. Toto zhodnocení zahrnuje minimálně identifikaci, kvantifikaci a mapování transkriptů a srovnání genové exprese a vzorků či skupin vzorků a určení míry (násobky exprese) a signifikance těchto změn. Tyto výsledky budou zadavateli předány, či umožněno stažení ze serveru dodavatele, minimálně formou hrubých dat ze sekvenace, celkové tabulky s výsledky a tabulek a grafů dokumentujících rozdíly v expresi.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 12 poolů.
3️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Tento příklad zahrnuje sekvenaci poolu sestávajícího z několika knihoven, připravených pomocí Chromium Next GEM Single Cell 3´ nebo 5´ Reagent kit, kdy...”
Popis veřejné zakázky
Tento příklad zahrnuje sekvenaci poolu sestávajícího z několika knihoven, připravených pomocí Chromium Next GEM Single Cell 3´ nebo 5´ Reagent kit, kdy fragmenty DNA jsou vybaveny specifickými adapterovými sekvencemi nezbytnými pro sekvenování na platformě Illumina nebo obdobné. U vstupního materiálu (1 pool) požadujeme kontrolu kvality pomocí kapilární elektroforézy, např. Agilent nebo obdobné, a vlastní sekvenaci v délce čtení 150 bp v párovém režimu s výtěžkem min 240 Gb a v kvalitě definované v popisu Části 3. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován a zároveň z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 9 poolů.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0003
4️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Tento příklad obsahuje jeden sekvenační pool Sel-TCP-Seq, který obsahuje až 48 jednotlivých knihoven (vzorků) označených různými barcody. Po doručení...”
Popis veřejné zakázky
Tento příklad obsahuje jeden sekvenační pool Sel-TCP-Seq, který obsahuje až 48 jednotlivých knihoven (vzorků) označených různými barcody. Po doručení dodavateli ve formě roztoku při -20°C požadujeme kontrolu kvality pomocí Agilent Bioanalyzer 2100 High sensitivity DNA Kit, a přesnou kvantifikaci pomocí Invitrogen Collibri Library Quantification Kit a Qubit 1X dsDNA High-Sensitivity Assay Kit. Knihovnu požadujeme sekvenovat v párovém režimu na samostatné nesdílené dráze na platformě Illumina (nebo obdobné) v délce čtení 150 bp (2×150bp) a s minimálních výtěžkem 765 Gb dat v popisu Části 4. Požadujeme následující doplňkové služby: možnost osobního předání vzorků a možnost zapůjčení přenosného HDD pro přenos dat. Online předání je nepraktické z důvodu velkého objemu dat. Dodání výsledků sekvenace je nutné ve formě ne-demultiplexovaných hrubých dat z celé dráhy (knihovna musí být na dráze sekvenována samostatně a nesmí být poolována s jinými vzorky vyjma kontroly PhiX) a zároveň požadujeme dodání dat demultiplexovaných na základě kombinace indexů a adaptérů.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 10 poolů.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0004
5️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Dodaný sekvenační pool obsahující několik (3-8) bakteriálních genomů (knihoven definovaných např. TrueSeq adaptéry) bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer)...”
Popis veřejné zakázky
Dodaný sekvenační pool obsahující několik (3-8) bakteriálních genomů (knihoven definovaných např. TrueSeq adaptéry) bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké a dlouhé fragmenty (<200 bp a >800 bp). Po následné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 250 bp v párovém režimu (2×250 bp) a s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 5. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 44 poolů.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0005
6️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Dodané vzorky DNA nebo cDNA včetně jedné nebo více negativních kontrol budou připraveny v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována...”
Popis veřejné zakázky
Dodané vzorky DNA nebo cDNA včetně jedné nebo více negativních kontrol budou připraveny v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Amplikony budou připraveny pomocí microbial DNA-free polymerázy (např. TP HS DNA-free 2x Master Mix, Top-Bio) za použití primerů specifikovaných zadavatelem (např. 515-806, dodání a kvalitu primerů zajišťuje dodavatel), indexovány vhodnou metodou (např. dvojité indexy Nextera XT), přečištěny na kolonkách nebo jinou vhodnou metodou, a výsledný pool podroben kontrole kvality a podle potřeby dočištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké fragmenty (<200 bp). Výsledný pool bude sekvenován v samostatném nebo ve sdíleném runu s tím, že minimální garantovaný výstup bude 20 tisíc pair-end readů na vzorek (tj 10 Mb/vzorek), s kvalitou definovanou v popisu Části 6. Celkový požadovaný výstup je tedy minimálně 1 Gb sekvenčních dat celkem, a to v případě zcela vyrovnaného výstupu pro všechny vzorky, protože zároveň musí být dosaženo minimálního požadovaného objemu sekvenačních dat na každý jeden vzorek. Sekvenační výstup bude demultiplexován a zároveň z dat budou odstraněny sekvenační adaptéry, a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 7 poolů.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0006
7️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Dodaný sekvenační pool zahrnující až 384 jednotlivých knihoven dvojitě indexovaných např. barcody Nextera XT bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool...”
Popis veřejné zakázky
Dodaný sekvenační pool zahrnující až 384 jednotlivých knihoven dvojitě indexovaných např. barcody Nextera XT bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké fragmenty (např. <250 bp nebo <350 bp, podle požadavků zadavatele). Po opětovné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 300 bp v párovém režimu (2×300 bp) s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 7. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 13 poolů.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0007
8️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Tento příklad zahrnuje zakázku sekvenace meta-transkriptomů, v rozsahu 20 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných z půdy v laboratoři zadavatele. Po doručení...”
Popis veřejné zakázky
Tento příklad zahrnuje zakázku sekvenace meta-transkriptomů, v rozsahu 20 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných z půdy v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků budou odstraněny fragmenty bakteriální i houbové rRNA metodou ribodeplece (případně bude odstraněn pouze jeden typ rRNA, dle požadavků zadavatele), následně budou odstraněny zbytky DNA (za použití RNase-free DNase) a dodavatelem bude potom (bez další amplifikace nukleových kyselin) připraven soubor cDNA knihoven k sekvenaci (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek, a to s fragmentací DNA řetězců podle požadavků zadavatele (např. na 500 bp nebo 800 bp), případně bez fragmentace. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 300 bp v párovém režimu (2×300 bp) s min. výstupem 15 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 8. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry. Pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read – ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 2 zakázky.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0008
9️⃣
Popis veřejné zakázky:
“Tento příklad zahrnuje sekvenování celkové environmentální DNA extrahované z půdních nebo dřevních vzorků, a to bez další amplifikace nukleových kyselin. Po...”
Popis veřejné zakázky
Tento příklad zahrnuje sekvenování celkové environmentální DNA extrahované z půdních nebo dřevních vzorků, a to bez další amplifikace nukleových kyselin. Po doručení sady 8 vzorků DNA izolovaných v laboratoři zadavatele bude dodavatelem zkontrolována kvalita a určena jejich vhodnost k sekvenaci. Vzorky budou následně opatřeny vhodnými barcody umožňující jejich rozlišení, a jejich pool bude potom sekvenován metodou dlouhých readů s minimálním výstupem a kvalitou definovanou v popisu Části 9. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny případné sekvenační adaptéry (podle používané sekvenační platformy). Pro každou knihovnu (vzorek) bude zadavateli doručen jeden FASTQ soubor obsahující sekvence z příslušného vzorku, bez jiných sekvencí (ať už jiné vzorky nebo sekvenační kontroly), ideálně přes online platformu.
Předpokládaný objem za 24 měsíců – 12 sad.
Zobrazit více Název
Identifikační číslo šarže: LOT-0009
Postup Typ postupu
Otevřený postup ✅ Administrativní informace
Lhůta pro doručení nabídek nebo žádostí o účast: 2024-09-05 12:00:00 📅
Jazyky, ve kterých lze podávat nabídky nebo žádosti o účast: čeština 🗣️
Jazyky, ve kterých lze podávat nabídky nebo žádosti o účast: angličtina 🗣️
Právní, ekonomické, finanční a technické informace Podmínky účasti
Seznam a stručný popis podmínek:
“Splnění profesní způsobilosti prokáže dodavatel, který předloží výpis z obchodního rejstříku, pokud je v něm zapsán, či výpis z jiné obdobné evidence, pokud...”
Seznam a stručný popis podmínek
Splnění profesní způsobilosti prokáže dodavatel, který předloží výpis z obchodního rejstříku, pokud je v něm zapsán, či výpis z jiné obdobné evidence, pokud je v ní zapsán.
Doplňující informace Tělo recenze
Název: Úřad pro ochranu hospodářské soutěže
Národní registrační číslo: 65349423
Poštovní adresa: třída Kpt. Jaroše 1926/7
Poštovní směrovací číslo: 60200
Poštovní město: Brno
Region: Jihomoravský kraj🏙️
Země: Česko 🇨🇿
E-mail: posta@uohs.cz📧
Telefon: +420 542167111📞
ADRESA URL: https://uohs.gov.cz🌏 Služba, u které lze získat informace o přezkumném řízení
Název: Úřad pro ochranu hospodářské soutěže
Národní registrační číslo: 65349423
Poštovní adresa: třída Kpt. Jaroše 1926/7
Poštovní směrovací číslo: 60200
Poštovní město: Brno
Region: Jihomoravský kraj🏙️
Země: Česko 🇨🇿
E-mail: posta@uohs.cz📧
Telefon: +420 542167111📞
ADRESA URL: https://uohs.gov.cz🌏 Postup přezkoumání
Přesné informace o lhůtě (lhůtách) pro přezkumné řízení:
“Podmínkou pro podání návrhu k ÚOHS je podání námitek k Zadavateli, které je nutné doručit do 15 dnů ode dne, kdy se stěžovatel dozvěděl o domnělém porušení...”
Přesné informace o lhůtě (lhůtách) pro přezkumné řízení
Podmínkou pro podání návrhu k ÚOHS je podání námitek k Zadavateli, které je nutné doručit do 15 dnů ode dne, kdy se stěžovatel dozvěděl o domnělém porušení zákona Zadavatelem, nejpozději však do uzavření smlouvy nebo do chvíle, kdy se soutěž o návrh považuje po výběru návrhu za ukončenou.
Námitky proti úkonům oznamovaným v dokumentech, které je Zadavatel povinen podle zákona uveřejnit či odeslat stěžovateli, musí být doručeny Zadavateli do 15 dnů od jejich uveřejnění či doručení stěžovateli.
Pokud je v zadávacím řízení stanovena lhůta pro podání žádostí o účast, musí být námitky proti podmínkám vztahujícím se ke kvalifikaci dodavatele doručeny Zadavateli nejpozději do skončení této lhůty.
Pokud je v zadávacím řízení stanovena lhůta pro podání nabídek, musí být námitky proti zadávacím podmínkám doručeny Zadavateli nejpozději do skončení této lhůty. Námitky proti obsahu výzvy k podání nabídek v dynamickém nákupním systému nebo při zadávání veřejné zakázky na základě rámcové dohody musí být zadavateli doručeny nejpozději do konce lhůty pro podání nabídek. V soutěži o návrh musí být námitky proti soutěžním podmínkám doručeny nejpozději do konce lhůty pro podání návrhů. Zadavatel může v zadávací dokumentaci nebo soutěžních podmínkách stanovit, že námitky podle § 242 odst. 3 nebo 4 zákona lze podat nejpozději 72 hodin před skončením lhůt podle § 242 odst. 3 nebo 4 zákona.
Námitky proti dobrovolnému oznámení o záměru uzavřít smlouvu podle § 212 odst. 2 zákona musí být doručeny Zadavateli do 30 dnů od uveřejnění tohoto oznámení.
Zadavatel je povinen námitky vyřídit do 15 dnů. Návrh je nutné doručit ÚOHS i Zadavateli do 10 dnů ode dne, v němž stěžovatel obdržel rozhodnutí, kterým Zadavatel námitky odmítnul nebo do 25 dnů od odeslání námitek, pokud Zadavatel o námitkách nerozhodl.
Po uzavření smlouvy na veřejnou zakázku či rámcové dohody lze podat pouze návrh na uložení zákazu plnění smlouvy, a to i bez předchozího podání námitek. Návrh na uložení zákazu plnění smlouvy doručí navrhovatel ÚOHS a ve stejnopisu Zadavateli do 30 dnů ode dne, kdy Zadavatel uveřejnil oznámení o uzavření smlouvy způsobem podle § 212 odst. 2 zákona s uvedením důvodu pro zadání veřejné zakázky bez uveřejnění oznámení o zahájení zadávacího řízení, předběžného oznámení nebo výzvy k podání nabídek ve zjednodušeném podlimitním řízení, nejpozději však do 6 měsíců od uzavření této smlouvy. Návrh na uložení zákazu plnění smlouvy podle § 254 odstavce 1 písm. d) zákona doručí navrhovatel ÚOHS a ve stejnopisu Zadavateli do 30 dnů ode dne, kdy Zadavatel uveřejnil oznámení o uzavření smlouvy na základě rámcové dohody podle § 137 zákona nebo oznámení o uzavření smlouvy v dynamickém nákupním systému podle § 142 zákona, nejpozději však do 6 měsíců od uzavření této smlouvy.
Ve lhůtě pro doručení návrhu je navrhovatel povinen složit na účet ÚOHS kauci ve výši 1 % z nabídkové ceny navrhovatele za celou dobu plnění veřejné zakázky nebo za dobu prvních čtyř let plnění v případě smluv na dobu neurčitou, nejméně však ve výši 50 000 Kč, nejvýše ve výši 10 000 000 Kč. V případě, že navrhovatel nemůže stanovit celkovou nabídkovou cenu, je povinen složit kauci ve výši 100 000 Kč. V případě návrhu na uložení zákazu plnění smlouvy je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 200 000 Kč. Jde-li o řízení o přezkoumání postupu pro zadávání koncesí, je navrhovatel povinen ve lhůtě pro doručení návrhu složit na účet ÚOHS kauci ve výši 1 % z předpokládané hodnoty koncese uveřejněné ve Věstníku veřejných zakázek nebo na profilu Zadavatele, nejméně však ve výši 50 000 Kč, nejvýše ve výši 10 000 000 Kč. V případě, že Zadavatel neuveřejní ve Věstníku veřejných zakázek nebo na profilu Zadavatele předpokládanou hodnotu koncese, je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 100 000 Kč. V případě návrhu na uložení zákazu plnění koncesní smlouvy je navrhovatel povinen složit kauci ve výši 200 000 Kč.
Zobrazit více Informace o elektronických pracovních postupech
Elektronická fakturace bude akceptována
Bude se používat elektronické objednávání
Elektronická platba bude použita
Zdroj: OJS 2024/S 145-449306 (2024-07-24)
Oznámení zadávacího řízení (2024-08-16) Objekt Rozsah veřejné zakázky
Odhadovaná hodnota bez DPH: 12 012 000 CZK 💰
Postup Administrativní informace
Lhůta pro doručení nabídek nebo žádostí o účast: 2024-09-10 18:00:00 📅
Změny Nová hodnota
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*”
Text:
“Změna - Lhůta pro podání nabídek – den (BT-131(d)-Lot)* a Lhůta pro podání nabídek – čas (BT-131(t)-Lot)*” Další doplňující informace
“Lhůta pro podání nabídek prodloužena z důvodu prodlení v zodpovězení dotazu uchazeče.”
Zdroj: OJS 2024/S 160-495583 (2024-08-16)
Nové veřejné zakázky v souvisejících kategoriích 🆕